（一）資金短缺，缺乏政策和標準支撐。農村供排水設施建設與運營缺乏可靠的資金來源是阻礙農村水汙染治理的一大難題。以一個處理規模為200噸/日的汙水處理站為例，采用常規工藝，建設資金100萬元，日常運行費用以0.5元/噸計，則運行費用為3.6萬元/年，對一個中心村來說，是一個沈重的負擔。全省15000個行政村全部建成處理規模為200m3/d汙水處理設施，每項汙水設施運行費用以3.6萬元/年計算，則省政府每年需拿出近4.4億元專項經費來補貼，而且是一筆長期開支。

（二）農村汙水排放點多面廣，水量水質差異大，工藝選擇困難。農村汙水處理規模一般不會超過200噸/日，需要建設的汙水處理設施數量多、規模小，汙水的水質、水量波動性大，排水管道不健全，加之我省南北跨度大，地理環境、氣候、當地經濟發展水平等地區差異大，給汙水處理帶來很大困難。調查發現，一些試點村選用的膜生物處理工藝，雖然出水水質標準很高，但其運行費用較高；有一些基層單位在建設汙水處理設施時，盲目地貪大求全，造成“大馬拉小車”現象，或將一些並不適合農村的技術應用到農村，給建設單位運行管理帶來包袱；還有的單位在設計汙水站時，只考慮汙水的處理，卻忽略了汙泥的處理，造成二次汙染

（三）運行管理水平低。調研中發現，不少地方存在重建設輕維護、輕運行管理的問題。不少農村汙水處理站管護人員技術水平低，在應用膜生物處理工藝等較復雜的工藝時，存在困難，使得花了較大代價建設的設施白白閑置。由於汙水處理設施運行就會產生費用，很多地方的設施就僅在檢查時開啟，平時任由汙水排向自然水域。

（四）部分農民 意識淡薄，汙水處理積極性低。一些村民及村幹部對汙水處理認識還很膚淺，他們歡迎政府投資汙水處理設施，但不願意支付汙水站運行管護費用；有的試點村存在著“等、靠、要”思想；有的試點村在工程建設中不積極配合，甚至收取場地費、臨時設施費等。