(1)缺乏相關標準、規範和規劃指導缺少全國性的農村汙水排放標準，缺少農村生活汙水治理專項規劃，相信隨著住建部和生態環境部聯合發文，將會一一得到解決。

　　(2)農村汙水治理技術繁多，缺少適用技術指南農村人口分布分散，情況千差萬別，在沒有統一的適用技術(指南或推薦)的情況下，地方政府無法選擇和辨別技術工藝的優劣。

　(3)處理水量與處理能力不相匹配農村地區，“老小村”、“空心村”的現象普遍，而目前農村生活汙水處理設施日均處理量大多按照農村戶籍人口設計，到人口流動問題考慮不足，實際運行過程中普遍存在因收集水量少而導致運行負荷偏低甚至無法運行的現象(另外一個原因是收集管網建設不完善)，由此導致了建設維護成本增加、資源浪費的問題。

　　(4)汙水汙水設施建設及運營管理資金短缺農村生活汙水治理設施屬於農村基礎設施項目，其建設、運營、維護以及監管均需要長期、持續地投入大量的公共財政資金，農村地區無法承受。